El zooplancton desempeña un papel crucial en el ciclo de la materia y el flujo de energía. Sin embargo, la profundidad y la investigación sistemática sobre los mecanismos de formación y los factores que influyen en las comunidades de zooplancton en arroyos de montaña son poco comprendidas. Aquí, realizamos muestreos de campo e investigamos la distribución espaciotemporal de la estructura de la comunidad de zooplancton y los principales factores ambientales en arroyos de montaña para explorar los principios subyacentes a sus efectos en la comunidad de zooplancton. Los resultados mostraron que la estructura de la comunidad de zooplancton exhibió variaciones estacionales significativas. Los rotíferos y los cladóceros fueron los grupos dominantes, siendo los rotíferos dominantes en clima cálido y los cladóceros dominantes en febrero. El análisis reveló que la temperatura y los elementos traza son los principales factores que afectan la diversidad del zooplancton. Nuestro modelo explicó el 46.50% de la variación en el zooplancton a través de la temperatura, las propiedades del agua, los nutrientes y los elementos traza. Los resultados destacaron que la temperatura actuó directamente sobre la comunidad de zooplancton y también mostró efectos indirectos y negativos sobre las diversidades de zooplancton al alterar los elementos traza. Las variables de elementos traza tuvieron un impacto significativo en la distribución de la comunidad de zooplancton. Nuestro estudio cuantificó sistemáticamente estas relaciones, proporcionando información sobre los procesos ecológicos de los arroyos de montaña y ofreciendo una base científica para la protección ecológica de los arroyos de montaña.