El microbioma intestinal (MI) es importante para el funcionamiento normal del sistema gastrointestinal (GI) y otros sistemas de órganos. Una alteración en el MI normal, disbiosis, y cambios en la motilidad intestinal resultan en el sobrecrecimiento de microorganismos y una alteración en la permeabilidad intestinal. El eje intestino-cerebro también es importante en el síndrome del intestino irritable (SII) y el sobrecrecimiento intestinal asociado. Secundario a la epidemia de obesidad, el síndrome metabólico se ha convertido en un problema de salud importante. Las alteraciones en el microbioma fecal están asociadas con el síndrome metabólico. La enfermedad del hígado graso no alcohólico (EHGNA) es ahora la terminología actual para la enfermedad del hígado graso no alcohólico. La alteración del MI mediante trasplante fecal es un método de tratamiento aprobado para infecciones recurrentes. Inicialmente realizado por infusión duodenal o colonoscopia, ahora se realiza fácilmente mediante la administración de cápsulas que contienen heces. Discutimos el microbioma intestinal: su composición, así como los cambios cualitativos en la composición del microbioma que conducen a la inflamación. Además, discutimos la evidencia del efecto del trasplante fecal en el síndrome metabólico y la EHGNA, así como sus indicaciones clínicas.