La calidad deficiente del agua potable puede afectar la salud y el rendimiento de los cerdos. La desinfección del agua puede mejorar la calidad microbiológica del agua. En este estudio, se analizaron bacterias y endotoxinas en agua tratada y no tratada con hipoclorito de sodio de una guardería de cerdos. Las muestras de agua se tomaron del agua entrante y de compartimentos con agua tratada y no tratada al principio y al final de las tuberías y de los bebederos. La granja fue visitada 14 veces para medir el recuento total de bacterias y las concentraciones de especies y endotoxinas. Además, se analizó la presencia de bacterias coliformes. Un análisis de modelo mixto reveló reducciones significativas en el recuento total de bacterias y especies en el agua tratada al principio de las tuberías y en los bebederos. Las diferencias entre las concentraciones de bacterias al final de las tuberías no tuvieron una tendencia clara. Las concentraciones de endotoxinas fueron aproximadamente iguales al principio de las tuberías y en los bebederos, pero se encontraron diferencias al final de las tuberías. La presencia de bacterias coliformes se redujo significativamente en el agua tratada. La aplicación de hipoclorito de sodio puede reducir significativamente las bacterias en las tuberías de agua. Las concentraciones de endotoxinas no se vieron afectadas en su mayoría por el tratamiento del agua. La desinfección de las secciones de tuberías sin salida fracasó, por lo que estas partes deben considerarse como posibles fuentes de contaminación.