La terapia con células madre adultas ha demostrado efectos antiinflamatorios e inmunomoduladores en muchas enfermedades en perros. Esta cualidad les otorga un gran potencial para su aplicación en enfermedades mediadas por el sistema inmunológico, como la fístula perianal, donde los tratamientos convencionales no garantizan la cura. Aunque existen publicaciones sobre el uso de células madre en el tratamiento de esta enfermedad, son escasas y no hay consenso sobre el protocolo de aplicación, ni se han realizado seguimientos a medio y largo plazo, por lo que es útil proponer nuevos protocolos. En este documento, informamos sobre un protocolo que utiliza bajas dosis de células madre adiposas de donantes sanos, aplicadas directamente a las lesiones, que fue efectivo después de 1-3 meses en todos los pacientes tratados (100%), en la mayoría de los casos con una sola aplicación y con una duración del efecto de seguimiento de 12-48 meses. Este protocolo propuesto es clínicamente simple, efectivo, duradero, seguro y económico, lo que está en línea con las expectativas de los dueños de perros.