El cangrejo mitten chino (CMC) es un fuerte osmorregulador que puede mantener una rigurosa homeostasis celular. El CMC puede prosperar en hábitats de agua dulce, así como en agua de mar, y representa la especie más importante para la acuicultura de agua dulce. El estrés salino puede tener efectos directos en varias etapas (por ejemplo, reproducción, muda, crecimiento, etc.) del ciclo de vida del CMC. Para obtener una mejor visión general de los genes involucrados en las branquias del CMC bajo diferentes condiciones de salinidad, realizamos un meta-análisis de RNA-Seq sobre los transcriptomas de cuatro conjuntos de datos disponibles públicamente. El meta-análisis identificó 405 transcritos diferencialmente expresados (DETs), de los cuales el 40% se clasificó en varias clases de transportadores, incluidos factores accesorios y transportadores activos primarios como las principales clases de transporte. Un análisis de red de los DETs reveló que la adaptación a la salinidad es un mecanismo altamente regulado en el que diferentes módulos funcionales desempeñan roles esenciales. Hasta donde sabemos, este estudio es el primero en realizar un meta-análisis de transcriptomas de branquias de conjuntos de datos de RNA-Seq de cangrejos bajo salinidad. Además, este estudio también es el primero en centrarse en la expresión diferencial de diversos transportadores y canales (transportoma) en el CMC. Nuestro meta-análisis abre nuevas avenidas para una mejor comprensión del mecanismo de osmorregulación y la selección de transportadores potenciales asociados con el cambio de salinidad.