Aumentar el soporte trófico a las neuronas estriatales al incrementar los niveles del factor neurotrófico derivado del cerebro (BDNF) se ha considerado un objetivo para la intervención terapéutica en varias enfermedades neurodegenerativas, incluida la enfermedad de Huntington (EH). Para ayudar en la implementación de tal estrategia, es fundamental comprender a fondo el transporte cortical-estriatal de BDNF para guiar su entrega estratégica. En este manuscrito, investigamos el comportamiento dinámico del transporte de BDNF a lo largo del eje cortical-estriatal en neuronas primarias Q140, un modelo de ratón para la EH. Examinamos esto utilizando el etiquetado de moléculas individuales de BDNF conjugadas con puntos cuánticos (QD-BDNF) para seguir el transporte a lo largo del eje cortical-estriatal en un sistema de cámara microfluídica diseñado específicamente para la co-cultivo de neuronas primarias corticales y estriatales. Con este enfoque, observamos un defecto en el transporte de QD-BDNF en neuronas Q140. Nuestro estudio demuestra que el transporte de QD-BDNF a lo largo del eje cortical-estriatal implica la alteración del transporte anterógrado dentro de los axones de las neuronas corticales y del transporte retrógrado dentro de las dendritas de las neuronas estriatales. Una característica prominente que observamos es el tiempo de pausa prolongado del transporte retrógrado de QD-BDNF dentro de las dendritas estriatales Q140. En conjunto, estos hallazgos apoyan la hipótesis de que el soporte trófico espaciotemporal deficiente de BDNF a las neuronas estriatales, impulsado por un transporte alterado, puede contribuir a la patogénesis de la EH, proporcionándonos información sobre cómo se puede aplicar mejor una estrategia terapéutica de suplementación de BDNF para la EH.