(1) Antecedentes: la popularidad de los conejos ha aumentado durante la última década y se han convertido en el tercer animal de compañía más común en la UE. La participación de los conejos en las Intervenciones Asistidas por Animales (IAA) está en crecimiento. Es muy importante garantizar el bienestar de los animales en las IAA. Mientras que las necesidades y las ventajas de las personas involucradas en la IAA son cada vez más evidentes, las necesidades de los animales no están claramente definidas, por lo tanto, es un gran campo de investigación. Los animales que se utilizan para la IAA necesitan ser transportados regularmente, lo que en sí mismo puede ser una fuente de estrés. (2) Métodos: el estrés de los conejos causado por el transporte se midió de manera no invasiva: se determinaron los niveles de cortisol a partir de las heces, basándose en sus productos de descomposición. Dieciocho animales participaron en el estudio. Los conejos experimentaron un transporte de 30 minutos cada dos días durante dos semanas (en total seis veces) mientras se recogieron 126 muestras. (3) Resultados: los conejos pudieron manejar el procedimiento de transporte la primera vez, pero posteriormente los metabolitos de la hormona del estrés en las muestras de heces aumentaron independientemente de los tratamientos ofrecidos (heno, zanahoria y manzana) durante el transporte. (4) Conclusiones: aquellos propietarios que utilizan conejos para Intervenciones Asistidas por Animales deben tener en cuenta que el transporte en sí mismo es una experiencia estresante para los animales.