Bajo la presión dual del desarrollo económico y la protección ambiental, es urgente que mejoremos la eficiencia de la innovación verde. La transformación digital de las empresas ofrece oportunidades para mejorar la eficiencia de la innovación verde. Sin embargo, la mayoría de los estudios actuales se centran en la relación entre ambos desde el nivel micro, ignorando el impacto de la transformación digital de las empresas en la innovación verde de otras entidades innovadoras dentro de la región, y aún no se ha descrito en detalle desde la perspectiva de las capacidades digitales. Por lo tanto, basándose en datos chinos, este artículo estudia el impacto de la transformación digital de las empresas en la eficiencia de la innovación verde regional desde la perspectiva de la capacidad digital, y proporciona una referencia teórica para mejorar la eficiencia de la innovación verde regional. La investigación muestra que (1) las capacidades digitales de la transformación digital de las empresas incluyen la capacidad de adquisición digital, la capacidad de utilización digital y la capacidad de compartición digital, que tienen efectos significativos en la promoción de la eficiencia de la innovación verde regional; (2) el fortalecimiento de los recursos de información, los recursos de conocimiento, los fondos de I+D y los recursos humanos son los canales de rol indicados por el análisis de mecanismos; (3) el análisis de heterogeneidad muestra que el efecto de promoción no está relacionado con la ubicación geográfica, pero las áreas desfavorecidas de la transformación digital de las empresas y la eficiencia de la innovación verde regional tienen un mayor impacto. Además, la aplicabilidad de las conclusiones de la investigación se extiende a través de estudios de caso en otros países. Este estudio enriquece la perspectiva de investigación de la relación entre la transformación digital de las empresas y la innovación verde, y proporciona un nuevo camino para el desarrollo sostenible regional.