La transferencia de elementos genéticos móviles (EGMs) se ha conocido como una estrategia adoptada por los organismos para la supervivencia y adaptación al medio ambiente. La rizosfera, donde coexisten microbios y plantas, es un punto caliente de transferencias de EGMs. En esta revisión, discutimos los mecanismos clásicos así como los mecanismos novedosos de transferencias de EGMs en la rizosfera. Se abordarán tanto las transferencias de EGMs intra-reino como las inter-reino. Las transferencias de EGMs podrían ser eventos antiguos que impulsaron la evolución o eventos recurrentes que regulan las adaptaciones. Hallazgos recientes sobre las transferencias de EGMs entre plantas y sus microbios interactuantes sugieren regulaciones génicas provocadas por tales transferencias para la simbiosis o mecanismos de defensa. En el medio ambiente natural, factores como la temperatura y la composición del suelo influyen constantemente en las interacciones entre las diferentes partes en la rizosfera. En esta revisión, también abordaremos los efectos de varios factores ambientales en las transferencias de EGMs en la rizosfera. Además de los factores ambientales, los exudados radiculares de las plantas también juegan un papel en la regulación de la transferencia de EGMs entre microbios en la rizosfera. Se discutirá el uso potencial de microbios y plantas para la biorremediación.