El mecanismo a través del cual pueden cambiar de color ha sido el foco de investigación de muchos estudios. Sin embargo, el mecanismo molecular involucrado en la complejación de iones de aluminio y antocianinas para regular el cambio de color sigue siendo poco claro. Aquí, se investigó el mecanismo de cambio de color en las plantas bajo estrés de aluminio utilizando métodos de secuenciación de proteoma y transcriptoma. La catalasa, peroxidasa, superóxido dismutasa, 3-O-delfinidina y los contenidos de Al en el sépalo se incrementaron significativamente tras el tratamiento con Al. Además, se identificaron 1628 genes diferencialmente expresados y 448 proteínas diferencialmente expresadas entre las condiciones tratadas y no tratadas. Los análisis de enriquecimiento de GO y KEGG revelaron que los genes y proteínas diferencialmente expresados estaban enriquecidos en categorías relacionadas con la pared celular, la actividad de peroxidasa y las vías de peroxisomas. Es importante destacar que ocho genes involucrados en la biosíntesis de antocianinas se expresaron significativamente a la baja a nivel de transcripto y proteína bajo estrés de aluminio. Estos resultados sugieren que los iones de aluminio inducen cambios de expresión de genes clave relacionados, los cuales regulan el color de las flores de la hortensia. En general, este estudio proporciona una referencia valiosa para el mecanismo molecular relacionado con el cambio de color y la adaptación en respuesta al estrés de aluminio.