Un problema importante que enfrenta la industria agrícola es la resistencia a los fármacos antihelmínticos. Para una mejor comprensión de la respuesta a la ivermectina (IVM) y para el análisis de los genes relacionados con la resistencia a los fármacos, utilizamos la secuenciación de ARN y la tecnología de etiquetas isobáricas para cuantificación relativa y absoluta (iTRAQ) para detectar los cambios transcriptómicos y proteómicos después del tratamiento con ivermectina. Un análisis integrado de las dos ómicas mostró que los genes y proteínas expresados diferencialmente estaban significativamente enriquecidos en las vías de degradación de aminoácidos, el metabolismo de xenobióticos por el citocromo P450, la biosíntesis de aminoácidos y el ciclo del ácido tricarboxílico. Encontramos que los genes UDP-glicosiltransferasas, glutatión S-transferasa, citocromo P450 y p-glicoproteína regulados al alza juegan papeles importantes en la resistencia a los fármacos. Nuestro trabajo ayudará a comprender los cambios en el transcriptoma y proteoma después de la IVM y facilitará el descubrimiento de genes relacionados con la resistencia a los fármacos. Esta información puede aplicarse además para aumentar la comprensión de la respuesta a la IVM en relación con la resistencia.