Las células satélite del músculo esquelético (SMSCs), que son células madre derivadas del músculo altamente multifuncionales, desempeñan un papel esencial en la miogénesis y la regeneración. Aquí, se construyó el perfil transcripcional de las SMSCs durante la proliferación y diferenciación utilizando el método de RNA-Seq. Se identificaron un total de 1954 genes expresados diferencialmente (DEGs) y 1092 genes de empalme alternativo diferencial (DAGs), incluyendo 1288 genes regulados al alza y 666 genes regulados a la baja. Los análisis de GO y KEGG mostraron que los DEGs y DAGs estaban enriquecidos en la vía de señalización MAPK (quinasa de proteínas activadas por mitógenos), la vía de señalización PI3K-Akt (quinasa 3 de fosfatidilinositol-tris-fosfato/quinasa de proteínas B), la vía de señalización Wnt y la vía de señalización Ras. En total, también se identificaron 1479 eventos de empalme alternativo (AS) durante la proliferación y diferenciación de las SMSCs. Entre ellos, un evento de AS único fue el tipo principal de empalme por mRNA, y SE fue el patrón de empalme predominante. Además, se escanearon factores de transcripción con AS durante la diferenciación de las SMSCs, como el factor potenciador de miocitos-2C y el miembro 2 del subgrupo 4 de receptores nucleares. Nuestros resultados implican que pueden interactuar, y especulamos que podrían regular la miogénesis de las SMSCs ovinas a través de la interacción. En conjunto, nuestro estudio proporciona información útil sobre la regulación transcripcional de las SMSCs durante la proliferación y diferenciación a nivel transcripcional, y ofrece un recurso valioso para comprender el mecanismo molecular de la miogénesis y el desarrollo muscular.