Los rizomas de Hua son ricos en flavonoides y otros metabolitos secundarios, exhibiendo notables efectos antioxidantes, antitumorales e inmunomoduladores. Los genes relacionados con la biosíntesis de flavonoides ya han sido caracterizados. Sin embargo, aún no existe una visión general completa de las vías de biosíntesis de flavonoides. Para articular la acumulación de las vías de biosíntesis de flavonoides, examinamos los cambios en el transcriptoma utilizando Illumina HiSeq de cinco tejidos diferentes y el RNA-seq de 15 muestras tuvo más de 105 Gb de una base limpia, generando un total de 277,955 unigenes. Las bibliotecas de cDNA de los frutos (F), hojas (L), raíces (R), tallos (S) y rizomas (T) de plantas de tres años generaron 57,591, 53,578, 60,321, 51,530 y 54,935 unigenes. El análisis comparativo del transcriptoma reveló que 379 genes expresados diferencialmente (DEGs) estaban en el grupo de F _vs_ T, L _vs_ T, R _vs_ T y S _vs_ T, y los transcritos de los DEGs relacionados con la biosíntesis de flavonoides estaban principalmente enriquecidos en rizomas. Además, combinado con WGCNA y el FPKM de la transcripción de cinco tejidos, se caracterizaron nueve familias de factores de transcripción expresados diferencialmente en el módulo rojo, el módulo rojo se correlacionó positivamente con la acumulación de flavonoides en rizomas. La PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) indicó además que ciertos genes están expresados diferencialmente en rizomas, acompañando el desarrollo de rizomas. Por lo tanto, este estudio proporciona una base para futuras investigaciones sobre la acumulación de la biosíntesis de flavonoides en los rizomas de Hua.