El ácido alfa-linolénico (ALA) es un componente nutricional importante en el aceite de colza, y los criadores de colza quieren restringir o mejorar la función de las desaturasas de ácidos grasos (FADs) en la vía de biosíntesis del ALA. Para determinar la razón de la regulación positiva de los genes de colza en dos accesiones de alto ALA, R8Q10 y YH25005, comparamos sus perfiles de transcriptoma en la semilla a 24 días después de la polinización (DAP) con los de dos líneas de bajo ALA, A28 y SW. Los niveles de expresión de veintiocho genes importantes en las muestras de semilla a 20, 27 y 34 DAP también se investigaron utilizando un RT-qPCR. Los niveles de expresión de genes involucrados en la síntesis de flavonoides y proantocianidinas, incluidos los genes que codifican los factores de transcripción BnTT1, BnTT2, BnTT8 y BnTT16, fueron más bajos en R8Q10 y YH25005 que en A28 y SW. Los niveles de expresión de genes que codifican factores de transcripción maestros en el desarrollo del embrión, como BnLEC1, BnABI3, BnFUS3 y BnbZIP67, fueron significativamente elevados en las dos accesiones de alto ALA. Combinado con resultados previos en la literatura de Arabidopsis y colza, especulamos que los genes de semilla amarilla podrían elevar la actividad de BnLEC1, BnABI3, BnFUS3 y BnbZIP67, etc., al reducir los niveles de expresión de varios homólogos, resultando en una regulación positiva y la aceleración de la síntesis de ALA. La semilla amarilla es un factor favorable para promover la síntesis de ALA en las dos accesiones de alto ALA con el rasgo de semilla amarilla. Estos hallazgos proporcionan una visión inicial sobre las diferencias transcriptómicas entre los germoplasmas de alto/bajo ALA y una base teórica para la mejora de la calidad de las semillas.