La albahaca dulce (L.) es una planta aromática importante con alta comestibilidad y valor económico, ampliamente distribuida en muchas regiones de los trópicos, incluyendo el sur de China. En los últimos años, los problemas ambientales, especialmente la salinización del suelo, han restringido seriamente la siembra y propagación de la albahaca dulce. Sin embargo, el mecanismo molecular de la respuesta al estrés salino en la albahaca dulce sigue siendo en gran medida desconocido. En este estudio, la germinación de semillas, el crecimiento de plántulas y la síntesis de clorofila en la albahaca dulce se vieron inhibidos bajo condiciones de estrés salino. A través de un análisis transcriptómico comparativo, se seleccionaron los módulos génicos involucrados en los procesos metabólicos, la respuesta oxidativa, la señalización de fitohormonas, el citoesqueleto y la fotosíntesis. Además, se mostró el paisaje de factores de transcripción durante el tratamiento con sal en la albahaca dulce. Además, la sobreexpresión del gen que codifica el factor de transcripción WRKY y el gen que codifica la fenilalanina amoníaco-liasa mejoraron la germinación de semillas, el crecimiento de plántulas y la tasa de supervivencia, respectivamente, de la albahaca dulce transgénica, sugiriendo que podrían ser candidatos importantes para la creación de cultivares de albahaca dulce tolerantes a la sal. Nuestros datos enriquecen el estudio sobre las respuestas a la sal en la albahaca dulce y proporcionan recursos genéticos esenciales para mejoras genéticas en la albahaca dulce en el futuro.