La salinidad es un estresor ambiental prominente que impacta significativamente en el crecimiento y desarrollo de las plantas. Aquí, realizamos una investigación sobre el mecanismo fisiológico y transcriptómico de un pepino silvestre, Chakr, bajo estrés de NaCl. Los datos fisiológicos mostraron que los contenidos de malondialdehído, peróxido (HO), prolina, azúcar soluble, y las actividades de enzimas antioxidantes como superóxido dismutasa, peroxidasa, ascorbato peroxidasa y glutatión reductasa en plantas de pepino silvestre aumentaron significativamente después del tratamiento con NaCl. El análisis transcriptómico reveló que 3509 transcritos se expresaron diferencialmente en las hojas y 5516 transcritos en las raíces después del tratamiento con NaCl. Numerosos genes estaban relacionados con la transducción de señales, factores de transcripción, transporte de iones, metabolismo osmótico y eliminación de especies reactivas de oxígeno. Además, se aisló y caracterizó el gen tipo H de tiorredoxina de Chakr (). Nuestro estudio demostró que las plantas de tabaco transgénicas que sobreexpresaban mostraron una mayor tolerancia al estrés de NaCl en comparación con las plantas de tipo silvestre. Estos hallazgos aportan valiosas ideas sobre las características funcionales de genes importantes en el pepino silvestre bajo estrés de NaCl.