El veza peluda (Roth) y el veza lisa (Roth var.) son cultivos de cobertura importantes y forrajes de leguminosas con gran valor económico y ecológico. Debido al genoma grande y altamente heterocigoto, la reconstrucción del transcriptoma completo es una ruta rentable para explorar sus recursos genéticos. En este estudio, se aplicó un enfoque de secuenciación híbrida que combina tecnologías SMRT y NGS. Los resultados mostraron que se generaron 28,747 y 40,600 transcritos no redundantes de alta calidad con una longitud promedio de 1808 pb y 1768 pb, respectivamente, a partir de la veza peluda y la veza lisa, incluyendo 24,864 y 35,035 marcos de lectura abiertos (ORFs), respectivamente. Más del 96% de los transcritos fueron anotados en bases de datos públicas, y alrededor del 25% de los isoformas sufrieron eventos de empalme alternativo (AS). Además, se identificaron 987 y 1587 lncRNAs de alta confianza en las dos especies de veza. Curiosamente, la veza lisa contiene más transcritos específicos y clústeres ortólogos que la veza peluda, revelando diversidad de transcritos intraespecífica. La filogenia reveló que estaban agrupados juntos y estrechamente relacionados con el género. Además, la estimación de las proporciones Ka/Ks mostró que la selección purificadora era la fuerza predominante. Un gen putativo de 3-dehidroquinato deshidratasa/deshidrogenasa de shikimato (DHD/SDH) experimentó una fuerte selección positiva y podría regular las diferencias fenotípicas entre la veza peluda y la veza lisa. En general, nuestro estudio proporciona una caracterización vital de dos transcriptomas de longitud completa en, lo que será valioso para su investigación molecular y cría.