Los conocimientos sobre la formación de sabores durante la maduración de la fruta pueden guiar el desarrollo de estrategias de cría que equilibren las necesidades de los consumidores y los productores. Los tomates cherry poseen un sabor distintivo, sin embargo, la investigación sobre la formación de calidad es limitada. Aquí, se realizaron análisis metabolómicos y transcriptómicos en diferentes etapas de maduración. Los resultados revelaron metabolitos acumulados diferencialmente durante la maduración de la fruta, proporcionando metabolitos candidatos relacionados con el sabor. Curiosamente, varios metabolitos clave relacionados con el sabor ya alcanzaron un nivel estable en la etapa verde madura. El análisis transcriptómico reveló que los niveles de expresión de la mayoría de los genes tendían a estabilizarse después de la etapa rosa. El análisis de enriquecimiento demostró que los cambios en las vías metabólicas y biosintéticas eran evidentes a lo largo de todo el proceso de maduración de la fruta. En comparación con los genes de resistencia a enfermedades y color de la fruta, los genes relacionados con el sabor y la firmeza pueden tener un impacto más amplio en la acumulación de metabolitos. Además, descubrimos los patrones de interconversión entre el ácido glutámico y la glutamina, así como los patrones de biosíntesis de flavonoides. Estos hallazgos contribuyen a nuestra comprensión de los mecanismos de formación de calidad de la fruta y apoyan los programas de cría destinados a mejorar los rasgos de calidad de la fruta.