La marchitez bacteriana, causada por el complejo de especies, es una de las enfermedades bacterianas más dañinas en el tabaco y otros cultivos. En este estudio, realizamos un análisis y comparación de los cambios en el paisaje del transcriptoma en las raíces de plántulas de tres líneas de BCF de tabaco, C244, C010 y C035, con diferente resistencia a la marchitez bacteriana a las 3, 9, 24 y 48 h después de la infección. Se destacaron varios procesos biológicos por su enriquecimiento diferencial entre C244, C010 y C035, especialmente aquellos asociados con el desarrollo de la pared celular, el control de calidad de las proteínas y la respuesta al estrés. Por lo tanto, realizamos una identificación a nivel genómico de siete familias de genes relacionados con el desarrollo de la pared celular y seis familias de proteínas de choque térmico (Hsp) y propusimos que los genes inducidos y que muestran patrones de expresión distintos en C244, C010 y C035 podrían servir como un recurso genético potencial para mejorar la resistencia a la marchitez bacteriana. Además, un análisis comparativo del transcriptoma de muestras de raíces inoculadas de C244 y C035, así como de C010 y C035, resultó en la identificación de otros 33 genes candidatos, de los cuales , un miembro de la familia de proteínas relacionadas con la patogénesis 1 (PR-1), se encontró que regula positivamente la resistencia a la marchitez bacteriana, respaldado por ensayos de PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) y silenciamiento génico inducido por virus (VIGS). Nuestros resultados contribuyen a una mejor comprensión de los mecanismos moleculares subyacentes a la resistencia a la marchitez bacteriana y proporcionan nuevos genes alternativos para mejorar la resistencia.