Los pepinos (L.) son un vegetal popular a nivel mundial y se cultivan ampliamente en todo el mundo. Sin embargo, los pepinos son susceptibles a diversas enfermedades infecciosas como la marchitez por Fusarium y Verticillium, el mildiú velloso y el mildiú polvoriento, y la pudrición blanda bacteriana, lo que resulta en pérdidas económicas sustanciales. El injerto es un enfoque efectivo utilizado ampliamente para controlar estas enfermedades. El presente estudio investigó el papel de la cera y la vía de biosíntesis de fenilpropanoides en pepinos injertados sobre portainjertos de calabaza de semilla negra. Nuestros resultados mostraron que los pepinos injertados tenían un contenido de cera cuticular significativamente mayor en la superficie del fruto que el de los pepinos autoenraizados en todas las etapas observadas. Se detectaron un total de 1132 genes expresados diferencialmente (GED) en los pepinos injertados en comparación con los pepinos autoenraizados. El análisis de enriquecimiento de vías reveló que la biosíntesis de fenilpropanoides, el metabolismo de la fenilalanina, el ritmo circadiano de las plantas, la biosíntesis de zeatina y la biosíntesis de diterpenoides estaban significativamente enriquecidos. En este estudio, 1 y 13 genes involucrados en la biosíntesis de cera y la vía de biosíntesis de fenilpropanoides, respectivamente, fueron regulados al alza en los pepinos injertados. Nuestros datos indicaron que los genes regulados al alza en las vías de biosíntesis de cera y fenilpropanoides pueden contribuir a la resistencia a enfermedades en los pepinos injertados sobre portainjertos, lo que proporciona objetivos prometedores para mejorar la resistencia a enfermedades en los pepinos mediante manipulación genética.