El concentrado de proteína de semilla de algodón (CPC) es una nueva fuente de proteína no alimentaria con alto contenido de proteína cruda, bajo precio y recursos abundantes, lo que lo convierte en un sustituto ideal de la harina de pescado. En este estudio, investigamos los efectos de la sustitución de la harina de pescado por CPC en la respuesta inmune utilizando secuenciación de transcriptoma. (peso corporal inicial: 0.42 +/- 0.01 g) se alimentaron con cuatro piensos isonitrogénicos e isolipídicos durante ocho semanas, con CPC reemplazando la harina de pescado en un 0% (control, FM), 15% (CPC15), 30% (CPC30) y 45% (CPC45), respectivamente. Al final del ensayo de alimentación, los cambios en las actividades y expresión de enzimas relacionadas con la inmunidad fueron consistentes en el grupo que contenía CPC en comparación con el grupo FM. Entre ellos, las actividades de ACP, PO y LZM en el grupo cuya dieta era CPC30 fueron significativamente más altas que las del grupo FM. Además, las actividades de AKP, SOD y CAT fueron significativamente más altas en el grupo que contenía CPC que en el grupo FM. Además, todos los grupos de CPC tuvieron niveles de MDA considerablemente más bajos que el grupo FM. Esto sugiere que la sustitución de la harina de pescado por CPC conduce a una respuesta inmune significativa. En comparación con el grupo FM, el análisis de transcriptoma identificó 805 genes expresados diferencialmente (DEGs) (484 abajo y 321 arriba), 694 (266 abajo y 383 arriba) y 902 (434 abajo y 468 arriba) en CPC15, CPC30 y CPC45, respectivamente. Entre todos los DEGs, 121 DEGs fueron compartidos entre diferentes grupos que contenían CPC en comparación con el grupo FM. La mayoría de estos genes diferenciales están involucrados en vías de señalización relacionadas con la inmunidad. Las 20 principales vías de señalización enriquecidas para genes diferenciales contenían toxoplasmosis, infección patógena, resistencia a la insulina y vías de Toll y deficiencia inmune (IMD), en las que el inhibidor de NF-kappa-B Cactus estaba involucrado. Además, el análisis de tendencias de comparación de los DEGs compartidos por el grupo con CPC en la dieta y el grupo FM mostró que los genes de Cactus estaban significativamente regulados a la baja en el grupo con CPC en la dieta y eran más bajos en el grupo CPC30. De manera consistente, la expresión de genes de péptidos antimicrobianos fue significativamente más alta en ambos grupos de dieta que contenían CPC que en el grupo FM. En conclusión, la cantidad moderada de CPC sustituida por harina de pescado puede mejorar la inmunidad al suprimir la expresión de los genes de Cactus, aumentando así la expresión de los genes de péptidos antimicrobianos (AMP).