La hipoxia aguda es un estrés abiótico común en la acuicultura comercial y tiene efectos significativos en la fisiología y el metabolismo de los peces. Debido a su gran tamaño y rápido crecimiento, el pez pez limón (greater amberjack) es una especie económicamente importante con un alto valor de cultivo. Esta especie es intolerante a la hipoxia, lo que la hace susceptible a la mortalidad masiva y obstaculiza el progreso del cultivo de pez limón. Basado en un análisis comparativo del transcriptoma hepático entre grupos tolerantes a la hipoxia aguda (HT) e intolerantes a la hipoxia (HS), este estudio exploró primero los mecanismos moleculares de la hipoxia aguda en el pez limón. Al simular el ambiente hipoxico agudo y utilizar secuenciación de ARN (RNA-Seq), se indagaron las diferencias en los cambios transcripcionales hepáticos entre los grupos tolerantes a la hipoxia aguda (HT) e intolerantes a la hipoxia (HS) del pez limón. Basado en el análisis de expresión diferencial, se seleccionaron 829 genes expresados diferencialmente (DEGs) en ambos grupos. En relación con el grupo HS, 374 DEGs fueron regulados al alza y 455 fueron regulados a la baja en el grupo HT. En comparación con el grupo HS, genes relacionados con la promoción del transporte de azúcares y la inhibición de la síntesis de lípidos fueron regulados al alza, mientras que genes que inhiben la gluconeogénesis y promueven la síntesis de lípidos, como y, fueron regulados a la baja. La expresión de fue significativamente y relativamente regulada a la baja en el grupo HT, lo que llevaría a la inhibición de la actividad antioxidante intracelular y a una disminución de la eliminación de ROS. La vía NF-kB también fue promovida hasta cierto punto en individuos del grupo HT en relación con el grupo HS para resistir la apoptosis. Además, también se detectó la regulación relativa a la baja de genes relacionados con la apoptosis y la autofagia, como, y, en el grupo HT. Los hallazgos presentes informaron por primera vez el mecanismo de regulación por el cual el tejido hepático enfrentó el estrés de hipoxia aguda en el pez limón, lo que proporcionará un importante apoyo técnico para prevenir la muerte inducida por hipoxia aguda con anticipación y reducir las pérdidas económicas.