El pez conejo es un pez de mesa comercialmente importante en el sureste de China. Sin embargo, ha habido pocos estudios sobre su desarrollo gonadal y la regulación de la reproducción. Se realizó un análisis comparativo del transcriptoma en las gónadas de machos y hembras adultas. En total, se ensamblaron con éxito 47,070 unigenes y se anotaron 22,737 unigenes. A través del análisis comparativo del transcriptoma de las gónadas masculinas y femeninas, se identificaron con éxito un total de 6722 genes expresados diferencialmente, con 3528 genes regulados al alza y 3154 genes regulados a la baja en los testículos. Además, se identificaron 39 genes relacionados con la reproducción que se expresaron diferencialmente. Finalmente, se utilizó PCR cuantitativa en tiempo real para validar los niveles de expresión de varios genes expresados diferencialmente. Estos resultados proporcionan datos importantes para estudiar más a fondo la función de los genes relacionados con la reproducción y el mecanismo molecular que regula el desarrollo gonadal y la reproducción.