La calabaza esponja pertenece a la familia y género Cucurbitaceae. Es un cultivo de vegetales económicamente valioso con propiedades medicinales. El tamaño del fruto de la calabaza esponja presenta una diversidad distintiva; sin embargo, las perspectivas moleculares de la regulación del tamaño del fruto siguen sin caracterizarse. Por lo tanto, se seleccionaron dos materiales de calabaza esponja con tamaños de fruto distintos para un análisis comparativo del transcriptoma. Se detectaron un total de 1390 genes como diferencialmente expresados entre muestras de calabaza esponja larga (LSG) y calabaza esponja corta (SSG), con 885 genes downregulados y 505 upregulados en SSG en comparación con LSG. El análisis de enriquecimiento de la vía KEGG reveló que la vía de señalización MAPK, la biosíntesis de metabolitos secundarios y la transducción de señales de hormonas vegetales estaban significativamente enriquecidas. Los genes diferencialmente expresados involucrados en el ciclo celular y la división celular, el metabolismo de hormonas vegetales y la transducción de señales MAPK fueron cruciales para la regulación del tamaño del fruto de la calabaza esponja. Además, las familias de factores de transcripción ERF, NAC, bHLH, MYB, WRKY y MADS-box estaban asociadas con la regulación del tamaño del fruto. La validación por qRT-PCR de los DEGs seleccionados fue generalmente consistente con los resultados de RNA-Seq. Estos resultados obtuvieron los genes y vías candidatos asociados con el tamaño del fruto y sientan las bases para revelar los mecanismos moleculares de la regulación del tamaño del fruto en la calabaza esponja.