En este estudio, utilizamos transcriptómica y metabolómica combinadas para analizar los mecanismos genéticos y fisiológicos del cultivar durante tres períodos de transición del color de la flor (de blanco a rosa, y luego de rosa a rojo) en el transcurso de un día. Como resultado, se encontraron 186 genes que se incrementaron significativamente con el oscurecimiento del color de la flor; estos genes estaban principalmente involucrados en la expresión de peroxidasa 30, proteína de dedo de zinc, transportador de fosfato PHO1, etc. En contraste, 298 genes se regularon a la baja significativamente con el oscurecimiento del color de la flor, incluidos aquellos involucrados en la expresión de probable O-metiltransferasa 3, proteína de unión al cobre 9 y factor de transcripción de estrés térmico A-6b. Algunos genes mostraron estrategias de expresión diferencial a medida que el color de la flor se oscurecía gradualmente. Además, detectamos 19 metabolitos que aumentaron gradualmente con el oscurecimiento del color de la flor, incluidos L-isoleucina, ácido palmítico, L-metionina y (+)-7-isonitrobenzeno. El contenido del metabolito hexadecanodioato disminuyó con el oscurecimiento del color de la flor. La transcriptómica y metabolómica combinadas revelaron que las vías metabólicas, incluidas las relacionadas con la biosíntesis de antocianinas, el metabolismo de cisteína y metionina, y el metabolismo del azufre, parecen estar estrechamente relacionadas con la transición del color de la flor. Este estudio sirvió como el primer informe sobre los mecanismos genéticos y fisiológicos de la transición del color de la flor a corto plazo y promoverá la mejora molecular de cultivares ornamentales.