La era del cambio climático requiere fuertemente una mayor eficiencia de las energías, como la luz, el agua, los nutrientes, etc., durante la producción de cultivos. El arroz es la planta que más agua consume en el mundo y, por lo tanto, se recomiendan ampliamente en todo el mundo prácticas de ahorro de agua como el encharcamiento alterno y secado (AWD). Sin embargo, el AWD aún presenta preocupaciones como un menor desarrollo de macollos, raíces poco profundas y un déficit hídrico inesperado. El AWD es una posibilidad no solo para ahorrar en el consumo de agua, sino también para utilizar diversas formas de nitrógeno del suelo. El estudio actual intentó investigar la expresión transcripcional de genes en relación con el proceso de adquisición-transporte-asimilación de nitrógeno utilizando qRT-PCR en las etapas de macollaje y espigado y perfilar metabolitos primarios específicos de tejidos. Empleamos dos sistemas de suministro de agua, inundación continua (CF) y encharcamiento alterno y secado (AWD), durante el crecimiento del arroz (siembra a espigado). El sistema AWD es efectivo para adquirir nitrato del suelo; sin embargo, la asimilación de nitrógeno fue predominante en la raíz durante el cambio de la etapa vegetativa a la reproductiva. Además, como resultado de los mayores aminoácidos en el brote, el AWD probablemente reorganizó los reservorios de aminoácidos para producir proteínas de acuerdo con la transición de fase. En consecuencia, se sugiere que el AWD 1) adquirió activamente nitrato del suelo y 2) resultó en una abundancia de reservorios de aminoácidos, que se consideran una reorganización bajo disponibilidad limitada de N. Basado en el estudio actual, son necesarios pasos adicionales para evaluar el metabolismo de N dependiente de la forma y el desarrollo de raíces bajo la condición AWD y una posible práctica en el sistema de producción de arroz.