En los últimos años, el bisfenol AF (BPAF) en ambientes acuáticos ha llamado la atención por sus riesgos ecológicos. Este estudio tiene como objetivo investigar los efectos tóxicos de la exposición al BPAF (188.33 g/L) durante 30 días en hembras de medaka marino. En el décimo y trigésimo día de exposición, se evaluó la toxicidad mediante análisis histológicos del hígado y los ovarios, así como los niveles de transcripción de genes relacionados con el sistema antioxidante, el sistema inmunológico y el eje hipotálamo-hipófiso-gonadal (HPG). Los hallazgos revelaron que (1) la exposición al BPAF causó vacuolización, cariopiosis y cariolisis en el hígado del medaka marino, y el impacto tóxico aumentó con la duración; (2) la exposición al BPAF durante 10 días facilitó el crecimiento y la maduración de los ovocitos primarios, y esta exposición tuvo un efecto inhibitorio comparativamente después de 30 días; (3) la exposición al BPAF resultó en una regulación bifásica de la abundancia transcripcional de genes involucrados en la respuesta antioxidante e inflamatoria, con una regulación inicial seguida de una regulación a la baja. Además, interrumpió el patrón de transcripción de genes relacionados con el eje HPG. En conclusión, 188.33 g/L de BPAF puede alterar los niveles de expresión de genes funcionalmente relacionados, comprometer la integridad estructural de los organismos marinos y representar una amenaza para su salud en general.