El control de las cargas de nitrógeno (N) y fósforo (P) en las aguas receptoras a menudo es sobrecompensado por los planificadores de cuencas. Los objetivos de este estudio, que investigó nueve cuencas en los subtropicales de China, fueron (i) cuantificar las relaciones explícitas entre las cargas de N y P en las aguas receptoras y las características topográficas, del suelo y del paisaje de las cuencas, (ii) identificar factores clave de impacto y (iii) identificar las vías de carga de N y P más influyentes a través de las cuencas. Nuestros datos colectivos indicaron que la relación entre la elevación y el relieve, la estequiometría elemental del suelo y la estructura del paisaje determinaban las cargas de N y P de las cuencas agrícolas estudiadas. Se postuló que la exportación de N de cuencas caracterizadas por un telón de fondo de bosque (pino Masson) en mosaico con la intrusión de campos de arroz en los subtropicales era impulsada por dos procesos simultáneos: descarga y retención. Además, se estimó que una relación umbral de C:P del suelo para las cargas de N y P de la cuenca estaba en el rango de 107-117. Nuestras análisis de ruta PLS-SEM sugirieron que para reducir la exportación de N de las cuencas agrícolas en los subtropicales, se deben considerar y desplegar predominantemente prácticas de mitigación en los ecosistemas del paisaje (por ejemplo, patrones del paisaje, zanjas y arroyos), a pesar de las medidas tradicionales utilizadas para los suelos. Las estrategias para reducir la exportación de P de la cuenca pueden ser propuestas directamente en el sitio de origen. Nuestros hallazgos proporcionan una mayor comprensión sobre el transporte y la retención de nutrientes de N y P a través de las cuencas y pueden dirigir óptimamente el enfoque de los planificadores de cuencas, aumentando así la eficacia del control de las pérdidas de N y P en las cuencas.