El kiwi ( spp.) es susceptible al estrés por encharcamiento. Aunque existen abundantes recursos de germoplasma silvestre entre las plantas para mejorar la tolerancia al encharcamiento de los cultivares de kiwi, los mecanismos subyacentes siguen siendo en gran medida desconocidos. Aquí, se llevó a cabo un estudio comparativo utilizando un germoplasma silvestre, Maorenshen ( Dunn, MRS), y un cultivar, Miliang-1 ( var. (A.Chev.) A.Chev. cv. Miliang-1, ML). Bajo estrés, los plantones de ML sufrieron daños graves con hojas cloróticas marchitas y raíces negras y podridas, mientras que los síntomas de daño en los plantones de MRS fueron mucho menores, junto con tasas fotosintéticas más altas, características de fluorescencia de clorofila y actividad radicular bajo condiciones de estrés. Sin embargo, ni el aerenquima en la raíz ni las raíces adventicias aparecieron en ambos germoplasmas tras la exposición al estrés. Las actividades de la piruvato descarboxilasa (PDC) y la alcohol deshidrogenasa (ADH), así como sus niveles de transcripción, fueron constitutivamente más altos en MRS que en ML tanto en condiciones normales como de estrés. El estrés por encharcamiento aumentó significativamente las actividades enzimáticas de PDC y ADH en ambos germoplasmas, que fueron un 60.8% y un 22.4% más altas en las raíces de MRS que en las raíces de ML bajo estrés por encharcamiento, respectivamente. Además, MRS mostró actividades más altas de enzimas antioxidantes, incluyendo SOD, CAT y APX, así como una mayor capacidad de eliminación de radicales DPPH, y una disminución de la acumulación de HO y MDA tanto en condiciones normales como de estrés. Nuestros hallazgos sugieren que la tolerancia al encharcamiento del germoplasma silvestre estaba asociada con altos niveles de PDC y ADH, así como con una capacidad antioxidante.