Las frutas son cada vez más reconocidas como una parte importante de una dieta saludable. Los cultivos de frutas representan una amplia gama de especies leñosas perennes cultivadas en huertos. La disponibilidad de agua es un factor ambiental primario que limita el crecimiento y la productividad de los cultivos de frutas. Los patrones de lluvia erráticos y el aumento de las temperaturas debido al cambio climático probablemente aumenten la duración de las sequías. Esta revisión tiene como objetivo resaltar los diferentes mecanismos por los cuales los cultivos de frutas responden a los déficits de estrés hídrico. Se hace hincapié en los determinantes fisiológicos, genéticos y epigenéticos de la respuesta al estrés en los cultivos de frutas. Estos hallazgos pueden contribuir a una comprensión más profunda de los efectos subyacentes de la sequía. También describimos nuevas oportunidades de investigación posibles gracias a la creciente disponibilidad de datos genómicos a nivel de población del campo, incluidos los estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) y la fenotipificación de alto rendimiento.