El arroz es un cultivo alimentario importante para más de la mitad de la población mundial, mientras que su producción está seriamente amenazada por inundaciones, un estrés ambiental común en todo el mundo. Las inundaciones conducen a la deficiencia de oxígeno, lo que representa un gran problema para las plantas sumergidas. En las últimas tres décadas, se ha avanzado significativamente en la comprensión de la adaptación del arroz y los mecanismos regulatorios moleculares en respuesta a las inundaciones. En las etapas de germinación de semillas y establecimiento de plántulas, la cascada de señalización CIPK15-SnRK1A-MYBS1 desempeña un papel central en la determinación de la tolerancia del arroz a la submersión. Sin embargo, desde las plántulas hasta las plantas maduras para la cosecha, las vías reguladas por - y - representan dos mecanismos regulatorios principales y opuestos en el arroz. Además, las fitohormonas, especialmente las giberelinas, inducen respuestas adaptativas a las inundaciones a lo largo del período de crecimiento del arroz. Esta revisión resume los rasgos adaptativos significativos observados en variedades de arroz inundadas y actualiza la genética molecular y los mecanismos de tolerancia a la submersión en el arroz.