El virus del papiloma bovino (BPV) puede causar lesiones en la mucosa del tracto gastrointestinal (GIT) en el ganado e inducir la formación de papilomas en órganos como la faringe, el esófago, el rumen y el retículo. Los papilomas del GIT pueden provocar dificultades para alimentarse y respirar. Además, la recolección de muestras es un desafío, lo que reduce el diagnóstico de BPV en estos órganos. El BPV puede causar papilomas exofíticos nodulares, similares a coliflor, planos, filiformes o de forma atípica en la epidermis. Histológicamente, los papilomas demuestran hiperqueratosis ortoqueratósica/parakeratósica y coilocitosis y, actualmente, el BPV comprende 45 tipos descritos. El objetivo de este estudio fue llevar a cabo la caracterización genética del BPV presente en lesiones neoplásicas del rumen de ganado criado extensivamente en la región occidental de la Amazonía, Brasil. Se recolectaron un total de 100 muestras ruminales papilomatosas de animales sacrificados en los municipios de Ji-Paraná y Urupá del estado de Rondônia, Brasil. Las muestras se sometieron a PCR utilizando el par de cebadores FAP59/FAP64 y se secuenciaron por el método de Sanger. Se realizó un análisis histopatológico en 24 muestras, que tenían suficiente material para este propósito. Como resultado, las muestras se clasificaron histológicamente como fibropapiloma y papiloma escamoso. Entre las muestras analizadas, fue posible identificar los BPVs 2, 13 y 44, con una muestra clasificada como un posible nuevo subtipo de BPV44. El presente estudio pudo identificar los tipos BPV13 y 44 en tejidos de rumen de ganado de la región amazónica brasileña por primera vez.