La bolsa de Fabricio (BF) es un órgano diana para varios microorganismos patógenos; sin embargo, los genes que regulan el desarrollo y declive de la BF no han sido completamente caracterizados. Por lo tanto, en este estudio, se obtuvieron secciones histológicas de la BF de pollos de hueso negro a los 7 (N7), 42 (N42), 90 (N90) y 120 días (N120) de edad, y la expresión diferencial y las tendencias de expresión de la BF en diferentes etapas fueron analizadas mediante análisis de transcriptoma. Los resultados mostraron que el crecimiento de la BF maduró progresivamente con la edad, seguido de un encogimiento gradual y desaparición. El análisis diferencial del transcriptoma reveló 5914, 5513, 4575, 577, 530 y 66 genes diferencialmente expresados (DEG) en seis grupos de comparación diferentes: N7 vs. N42, N7 vs. N90, N7 vs. N120, N42 vs. N90, N42 vs. N120 y N90 vs. N120, respectivamente. Además, se realizó un análisis transcriptómico de la serie temporal del desarrollo de la BF e identificó las etapas correspondientes de enriquecimiento del proceso biológico. Finalmente, se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real cuantitativa (qRT-PCR) para validar la expresión de los 16 DEGs durante el crecimiento y desarrollo de la bolsa. Estos resultados fueron consistentes con los del transcriptoma, indicando que reflejan la expresión de la BF durante el crecimiento y desarrollo, y que estos genes reflejan las características de la BF en diferentes momentos de desarrollo y declive. Estos hallazgos reflejan las características de la BF en diferentes intervalos de tiempo.