El thiram, un fungicida ditiocarbamato, se utiliza para el tratamiento de diversas infecciones fúngicas que afectan cultivos y plantas ornamentales. Sin embargo, se ha informado sobre la toxicidad asociada al thiram en animales, incluidos los peces, y los mecanismos moleculares subyacentes no están claros. En este estudio, empleamos peces cebra (ZF) para obtener más información sobre los mecanismos moleculares asociados a la toxicidad del thiram. Estudiamos anomalías del desarrollo y realizamos un análisis de todo el transcriptoma de embriones de ZF expuestos a thiram durante 96 horas. Los embriones expuestos a 4.0 g/L de thiram mostraron varias anomalías fenotípicas, incluyendo bradicardia, curvatura espinal, arresto de la eclosión y retraso en el crecimiento. El análisis de todo el transcriptoma reveló 1754 genes expresados diferencialmente (DEGs), con 512 DEGs regulados al alza y 1242 DEGs regulados a la baja. La mayoría de los procesos biológicos afectados por el thiram fueron metabólicos. El análisis de enriquecimiento de rutas de la Enciclopedia de Kyoto de Genes y Genomas arrojó términos relacionados con la reproducción, como la biosíntesis de esteroides y la biosíntesis de hormonas esteroides. Los resultados de la validación mediante reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real coincidieron con los datos de secuenciación para diez DEGs. Los resultados del estudio mejoran nuestra comprensión actual de los efectos de la exposición al thiram en ZF.