La fotobiomodulación (PBM) es un término de consenso recién adoptado para reemplazar la aplicación terapéutica de la terapia láser de bajo nivel. Se ha sugerido que la PBM influye en el microbioma, que a su vez ha demostrado estar cada vez más relacionado con la salud y la enfermedad. A pesar de que el uso de la PBM también ha crecido drásticamente en la medicina veterinaria, todavía falta evidencia que respalde su efecto in vivo. Nuestro objetivo fue investigar el impacto de una fuente láser de infrarrojo cercano de doble longitud de onda (Sistema de Láser de Longitud de Onda Múltiple, MLS) en el microbioma cutáneo en perros atópicos. Veinte perros atópicos adultos de propietarios fueron incluidos en el estudio. Los perros fueron tratados con terapia láser MLS en una mitad de la región abdominal, mientras que el lado contralateral se dejó sin tratar y sirvió como control. Se recolectaron muestras del microbioma cutáneo antes y después de los tratamientos con MLS, y luego se sometieron a análisis de ITS y 16S rRNA basados en NGS. Los resultados mostraron que, aunque la composición y diversidad del microbioma no se vieron significativamente afectadas, la PBM podría desempeñar un papel en la modulación de la abundancia de especies bacterianas específicas, en particular, que representan una cepa patógena cutánea importante. Hasta donde saben los autores, este es el primer estudio que investiga el impacto potencial de la terapia láser MLS en el microbioma cutáneo en perros atópicos.