Investigamos los cambios en la diversidad genética a lo largo del tiempo y el espacio de la papa cultivada (L.) desde el período anterior a 1800 hasta 2021. Se examinó un panel sustancial de 1219 variedades de papa, pertenecientes a diferentes grupos espaciotemporales, utilizando un conjunto de 35 marcadores de microsatélites (SSR). Se analizaron datos genotípicos que cubren un total de 407 alelos utilizando métodos de agrupamiento de mapa autoorganizado (SOM) y análisis discriminante de componentes principales (DAPC) de novo y a priori, respectivamente. El análisis de datos basado en diferentes modelos de estructuración genética proporcionó evidencia de (1) al menos dos linajes tempranos que se han mantenido desde su introducción inicial desde los Andes a Europa en el siglo XVI, seguidos por otros posteriores provenientes de eventos de reintroducción desde EE. UU. a mediados de 1800; (2) un nivel de diversidad que ha evolucionado gradualmente a lo largo de los períodos y áreas estudiados, siendo los grupos de variedades más modernas los que abarcan la mayor parte de la diversidad encontrada en décadas anteriores; (3) la aparición de nuevos grupos genéticos dentro de la población actual debido al aumento en el uso de prácticas de mejora de germoplasma utilizando germoplasmas exóticos. Además, el análisis reveló una diferenciación genética significativa tanto entre como dentro de los grupos espaciotemporales de germoplasma estudiados. Por lo tanto, nuestros resultados destacan que no han ocurrido eventos importantes de estrechamiento genético dentro de la papa cultivada en los últimos tres siglos. Por el contrario, la base genética muestra signos prometedores de mejora, gracias a un extenso trabajo de cría que está ganando impulso. Esta visión general podría utilizarse no solo para comprender mejor cómo las decisiones pasadas han impactado los recursos genéticos actuales de la papa cultivada, sino también para desarrollar nuevas estrategias apropiadas para programas de cría que sean coherentes con los desafíos socioeconómicos y de sostenibilidad que enfrentan los sistemas agroalimentarios.