Las alergias alimentarias son un desafío alimentario global. Para un etiquetado correcto de los alimentos, es necesaria la detección y cuantificación de alérgenos. Sin embargo, las nuevas formulaciones de productos y los procesos industriales producen nuevos escenarios, que requieren desarrollos tecnológicos mucho más avanzados. Para este propósito, las tecnologías OMICS, especialmente la proteómica, parecen ser relevantes en este contexto. Esta revisión resume el conocimiento actual y los estudios que utilizaron la proteómica para estudiar alérgenos alimentarios. En el caso de las proteínas alergénicas, una amplia variedad de isoformas, modificaciones post-traduccionales y otros cambios estructurales durante el procesamiento de alimentos pueden aumentar o disminuir la alergenicidad. La mayoría de los alérgenos alimentarios de origen vegetal son proteínas con funciones biológicas involucradas en el almacenamiento, la estructura y la defensa de las plantas. La alergenicidad de estas proteínas podría aumentar por la presencia de metales pesados, contaminación del aire y pesticidas. La proteómica dirigida, como el monitoreo de reacciones seleccionadas/múltiples (SRM/MRM), ha sido muy útil, especialmente en el caso del gluten de trigo, centeno y cebada, y alérgenos de lentejas, soja y frutas. La inmunoblotting convencional 1D y 2-DE se ha utilizado ampliamente. Para los alérgenos alimentarios de origen animal, las tecnologías más utilizadas son la inmunoblotting 1D y 2-DE seguida de MALDI-TOF/TOF, y más recientemente LC-MS/MS, que se está volviendo útil para evaluar alérgenos de huevo, pescado o leche. La detección y cuantificación de proteínas alergénicas utilizando proteómica basada en espectrometría de masas son prometedoras y contribuirían a una mayor precisión, mejorando así la información al consumidor.