En los peces óseos, los filamentos branquiales son esenciales para los intercambios de gases, pero también son vulnerables a infecciones por microorganismos acuáticos. Omnipresentes en los peces, los tejidos linfoides asociados a las branquias (GIALT) regulan las interacciones con la microbiota local y detienen las infecciones por patógenos. Recientemente se ha encontrado una estructura especial de GIALT en los salmónidos, el tejido linfoide interbranquial (ILT). Sin embargo, la variación estructural de GIALT entre los peces óseos sigue siendo en gran medida desconocida. Aquí, mostramos cómo esta zona crítica de interacción evolucionó entre los peces. Al etiquetar un epítopo de células T conservado en secciones de tejido, encontramos que varios grupos basales de teleósteos poseen ILT típico, mientras que los teleósteos modernos tienen un linfoepitelio de diferente forma y tamaño en la base de los filamentos branquiales primarios. Dentro de los cipriniformes, ni la variación en el tamaño corporal entre dos especies relacionadas, el pez cebra y la carpa común, ni la variación en el morfotipo, tuvieron un efecto drástico en la estructura del ILT. Por lo tanto, este estudio es el primero en describir la presencia de ILT en el pez cebra. La variabilidad del ILT entre los órdenes de peces parece representar diferentes soluciones evolutivas para equilibrar los compromisos entre múltiples adaptaciones de las mandíbulas y la región faríngea, y las respuestas inmunitarias. Nuestros datos apuntan a una amplia variación estructural en la inmunidad branquial entre grupos basales y teleósteos modernos.