La vid cultivada, subespecie L., está representada por una enorme población de variedades y clones. Surgieron a partir de la acumulación de mutaciones gaméticas y somáticas durante siglos de propagación sexual y asexual. Estas variedades representan un vasto reservorio de rasgos/alelos que podrían ser útiles para mejorar la calidad de la baya, así como para resistir a las tensiones ambientales. Sin embargo, la mayoría de ellas siguen sin explotarse. Por esta razón, un sistema de caracterización eficiente es esencial para definir la identidad varietal, evitar casos de sinonimia (genotipos idénticos pero nombres diferentes) y homonimia (mismos nombres pero genotipos diferentes) y profundizar en nuestra comprensión de la diversidad existente dentro del germoplasma de la vid. La plétora de tecnologías de alto rendimiento basadas en ADN actualmente disponibles proporciona herramientas prometedoras para el análisis de la diversidad, superando muchas de las limitaciones de los análisis de diversidad basados en fenotipos. Sin embargo, el análisis de la diversidad intra-varietal sigue siendo un desafío. En este escenario, después de resumir las causas y consecuencias de la diversidad genética inter e intra-varietal de la vid, revisamos las tecnologías basadas en ADN utilizadas para el genotipado varietal, enfatizando aquellas capaces de distinguir clones dentro de una variedad. Esta revisión proporciona una actualización sobre las tecnologías utilizadas para explorar la diversidad de la vid, cuyo conocimiento es necesario para una explotación y conservación eficientes del germoplasma de la vid.