Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP) es el agente causante de la enfermedad de Johne en rumiantes, una enteritis crónica que resulta en emaciación y eventual pérdida del animal. Los avances recientes en metagenómica han permitido un estudio más profundo de microbiomas complejos, incluido el de los tractos gastrointestinales, y tienen el potencial de proporcionar información sobre las consecuencias de la exposición de un animal a MAP u otros patógenos. Este estudio tuvo como objetivo investigar la diversidad taxonómica y los cambios de composición del microbioma fecal de ganado desafiado experimentalmente con MAP en comparación con un grupo de control no expuesto. Se recolectaron muestras de hisopos fecales de un total de 55 animales [grupo expuesto (= 35) y grupo de control (= 20)], en tres momentos (meses 3, 6 y 9 post-inoculación). La composición y el potencial funcional de la microbiota fecal diferían a lo largo del tiempo y entre los grupos (< 0.05), siendo las principales diferencias, tanto desde una perspectiva taxonómica como funcional, ocurridas a los 3 meses post inoculación. Estas incluyeron diferencias significativas en la abundancia relativa de los géneros Methanobrevibacter y Bifidobacterium y también de 11 otras especies (4 con una mayor abundancia relativa en el grupo expuesto y 7 con una mayor abundancia relativa en el grupo de control). Se establecieron correlaciones entre los datos del microbioma y las mediciones de inmunopatología y se observó que los cambios en la composición microbiana se correlacionaron con miRNA-155, miR-146b e IFN-. En resumen, este estudio ilustra el impacto de la exposición a MAP en el microbioma fecal de los rumiantes con un número de especies que pueden tener relevancia en la medicina veterinaria para rastrear la exposición a MAP.