La taxonomía y la filogenia de las plantas abordan problemas muy importantes relacionados con la diversidad genética de las poblaciones encontradas en diferentes regiones geográficas, tratando de presentar la variabilidad de estas poblaciones pero también de explicar su origen. Por esta razón, tales estudios que examinan la diversidad condicionada de las poblaciones de plantas fueron el objeto de este Número Especial (NE) de la revista Plants. Este NE contiene diez artículos originales y un artículo de revisión sobre filogeografía y ciencias relacionadas, es decir, biogeografía, taxonomía y sistemática, así como la variabilidad genética que subyace a estas ciencias. Los artículos incluidos en el NE abarcan una amplia gama de temas, incluyendo la filogenia y taxonomía de los musgos, la taxonomía y hibridación y filogenia del género Chery, la diversidad genética y filogeografía de los helechos, incluyendo especies relícticas del área de Macronesia, la taxonomía del género Aconitum, una especie de orquídea nueva para la flora rumana, así como una propuesta para una nueva división filogeográfica en la provincia de Gansu (China) y una revisión del papel de las montañas Hercynianas en la formación de los patrones de migración de las plantas en el Pleistoceno.