Se estudió la taxonomía y ecología del género de copépodos ciclopoides Thermocyclops. Se recolectaron muestras en 207 cuerpos de agua ubicados en las 22 cuencas hidrográficas del estado de São Paulo, Brasil, incluyendo grandes embalses, lagos pequeños y someros, lagunas y ríos. El género Thermocyclops habita principalmente cuerpos de agua dentro de una región limnética. Se encontraron cuatro especies, de las cuales una es nueva: Thermocyclops iguapensis, presente en los embalses de las cuencas de Ribeira do Iguape y Paraíba do Sul. Se presenta la descripción de la nueva especie y la distribución geográfica de las cuatro especies en el estado de São Paulo. Thermocyclops decipiens fue la especie más frecuente, presente en el 71% de los cuerpos de agua dentro de una región limnética. Esta especie es característica de ambientes eutróficos donde puede presentarse en gran abundancia, mientras que Thermocyclops minutus es característico de sistemas oligotróficos. Thermocyclops inversus y Thermocyclops iguapensis n. sp. No eran comunes, pero pueden presentarse junto con Thermocyclops decipiens.