Las raíces tuberosas de la batata se utilizan para consumo humano, alimentación animal y muchos productos industriales. Sin embargo, el cultivo es susceptible a diversas plagas y enfermedades, incluida la enfermedad de la podredumbre de las raíces causada por el hongo fitopatógeno . El control biológico de patógenos vegetales por especies está ampliamente difundido en agrosistemas, pero aún no se dispone de agentes de control biológico específicos contra el hongo causante de la enfermedad de la podredumbre de las raíces. Nuestros estudios previos mostraron que dos cepas aisladas de raíces de batata - T052-76 y T149-19 - fueron capaces de inhibir in vitro, pero faltaban datos de experimentos in vivo utilizando simultáneamente el hongo y las bacterias. En este estudio, ambas cepas demostraron proteger la planta de la enfermedad y mitigar los síntomas de la enfermedad de la podredumbre de las raíces en experimentos en macetas. La cuantificación total de la comunidad fúngica utilizando PCR en tiempo real mostró una disminución significativa en el número de copias del gen ITS cuando se inoculaban las bacterias, en comparación con el control (solo con el hongo). Para determinar los genes que codifican sustancias antimicrobianas que probablemente inhiban el hongo, se secuenciaron y anotaron sus genomas. Se encontraron genes que codifican para mycosubtilin, bacillaene, macrolactin, bacillibactin, bacilysin, plantazolicin, plipastatin, dificidina, fengycin y surfactina en T149-19, mientras que los que codifican para bacylisin, lichenysin, bacillibactin, fengycin y surfactina se encontraron en T052-76. En conjunto, los datos presentados aquí contribuyen a avanzar en el conocimiento para el uso de estas cepas como productos de biocontrol en la batata.