A lo largo de los años se han desarrollado diferentes metodologías para identificar microorganismos ambientales con el fin de mejorar las técnicas de biorremediación, determinar los perfiles de susceptibilidad de las bacterias en ambientes contaminados y reducir el impacto de los microorganismos en los ecosistemas. Se comparan dos métodos de identificación bioquímica bacteriana y se determina el perfil de susceptibilidad de las bacterias aisladas de aguas residuales residenciales e industriales. Se recuperaron veinticuatro bacterias del banco de bacterias del Laboratorio de Microbiología Ambiental del Instituto de Biología (IB) de la Universidad Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil. Las bacterias se identificaron mediante pruebas bioquímicas convencionales y mediante el sistema automatizado VITEK2. Además, el perfil de susceptibilidad a los antibióticos también se determinó mediante el sistema automatizado. Se identificaron seis especies de bacterias (Raoutella planticola, K. pneumoniae ssp. pneumoniae, Serratia marcescens, Raoutella sp., E. cloacae y Klebsiella oxytoca) mediante pruebas bioquímicas convencionales, mientras que tres especies de bacterias (K. pneumoniae ssp. pneumoniae, S. marcescens y K. oxytoca) se identificaron mediante el sistema automatizado VITEK2. VITEK2 indicó concordancia en 19 (79,17%) aislamientos y diferencias en cinco (20,83%) aislamientos en comparación con los resultados de las pruebas bioquímicas convencionales. Además, los resultados del perfil de susceptibilidad a antibióticos mostraron que todos los aislamientos (100%) fueron resistentes a al menos uno de los 18 antibióticos analizados con VITEK2. Por lo tanto, no se han reportado bacterias multirresistentes que puedan utilizarse en sistemas de tratamiento de efluentes ni en procesos de biorremediación. Los resultados indican que el sistema automatizado VITEK  2 es una metodología potencial para la determinación del perfil de susceptibilidad y la identificación de bacterias ambientales.