Esta investigación explora cómo diferentes métodos de transformación de desechos orgánicos influyen en la producción de sustancias húmicas (SH) y su impacto en la calidad del suelo. Usando desechos de oliva y naranja como sustratos, el estudio compara los procesos de vermicompostaje, compostaje y digestión anaeróbica para determinar qué método produce los productos más ricos en sustancias húmicas. La caracterización de las SH en cada producto incluyó análisis de carbono orgánico total (COT), contenido de ácido húmico y fúlvico, tasa de humificación, grado de humificación y relación E4/E6, con SH extraídas usando hidróxido de potasio (KOH) y analizadas mediante espectroscopía de Transformada de Fourier de Infrarrojo por Reflexión Difusa (DRIFT) para evaluar la complejidad estructural. Los resultados revelaron que la composición química de los materiales de entrada influyó significativamente en la dinámica de transformación, con subproductos de naranja mostrando una tasa y grado de humificación más altos. El vermicompostaje surgió como el proceso más eficiente, produciendo fertilizantes con contenido húmico superior, mayor biodiversidad microbiana y capacidad de intercambio catiónico mejorada, mejorando notablemente la calidad del suelo. El compostaje también contribuyó a la estabilización de la materia orgánica, aunque menos efectivamente que el vermicompostaje. Por el contrario, la digestión anaeróbica resultó en productos con niveles más bajos de SH y contenido nutricional reducido. Los procesos aeróbicos, especialmente el vermicompostaje, demostraron la transformación más rápida y efectiva, produciendo sustancias húmicas estables y estructuralmente complejas con beneficios pronunciados para la salud del suelo. Estos hallazgos subrayan el vermicompostaje como el enfoque más sostenible y eficaz para generar fertilizantes orgánicos ricos en SH, presentando una alternativa poderosa a los fertilizantes sintéticos. Además, este estudio destaca el potencial de la valorización de desechos orgánicos para mitigar la contaminación ambiental y fomentar prácticas de economía circular en la agricultura sostenible.