La nanotecnología está ganando terreno rápidamente en la protección de cultivos, con la creciente búsqueda de nanopesticidas sostenibles y nanotransportadores para el manejo de patógenos de plantas. Entre ellos, los nanocristales de celulosa (CNC) están surgiendo como materiales antimicrobianos innovadores derivados de residuos agroalimentarios. En este trabajo, se evaluaron nuevos métodos de extracción química y enzimática de CNC a partir de residuos de cosecha de tomate. Los nanomateriales obtenidos fueron caracterizados y probados por sus propiedades antimicrobianas sobre pv. (Pto), el agente causal de la enfermedad de manchas bacterianas en el tomate. Ambos protocolos fueron eficientes. El método de extracción enzimática fue más ecológico, produciendo CNC más puros con un rendimiento ligeramente inferior. Los CNC obtenidos, aunque inhibieron débilmente el crecimiento celular y no promovieron la formación de especies reactivas de oxígeno (ROS), provocaron agregación bacteriana y la inhibición de la producción de biopelículas y la motilidad de natación. Ambos protocolos produjeron CNC con características morfoquímicas similares, así como una actividad antimicrobiana prometedora contra patógenos bacterianos de plantas, lo que sugiere su posible papel en estrategias sostenibles de protección de cultivos. Los nuevos protocolos podrían ser una alternativa valiosa a los métodos convencionales.