Edna-based survey of fish species in water bodies using loop-mediated isothermal amplification (LAMP) for application of developing automatic sampler
Autores: Jothinarayanan, Nivedhitha; Pham, Chau Ha; Karlsen, Frank; Roseng, Lars Eric
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Edna-based survey of fish species in water bodies using loop-mediated isothermal amplification (LAMP) for application of developing automatic sampler
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Bioingeniería
Palabras clave
Especies
EDNA
LAMP
Monitoreo
Detección
Ecosistemas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 37
Citaciones: Sin citaciones
El monitoreo de especies en un hábitat es importante para garantizar la diversidad biológica. El ADN ambiental (eDNA) puede inferir la presencia-ausencia de especies y permitir una acción rápida para evitar factores amenazantes en los ecosistemas en el caso de especies no autóctonas. Los ensayos de amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP) para la amplificación molecular están ganando rápidamente popularidad en la detección de especies, pero LAMP sigue siendo un método subutilizado para las prácticas de monitoreo basadas en eDNA. La combinación más efectiva para el monitoreo exitoso de especies puede ser la recolección de eDNA o rastros biológicos recogidos por nanofiltración seguido de iniciativas de detección de especies basadas en LAMP. Aquí, utilizamos el análisis de LAMP para detectar el eDNA de (Lucioperca), (Anguila Europea) y (Salmón Atlántico) en el Lago Borre y en el Río Drammen. La selección de especies se basa en las categorías de especies invasoras regionales, especies en peligro y especies de menor preocupación. Se consideraron dos genes objetivo para cada especie y se diseñaron cebadores LAMP. Nuestro estudio mostró que LAMP es una herramienta efectiva para descubrir el eDNA específico de peces (análisis) para mantener los ecosistemas acuáticos.
Descripción
El monitoreo de especies en un hábitat es importante para garantizar la diversidad biológica. El ADN ambiental (eDNA) puede inferir la presencia-ausencia de especies y permitir una acción rápida para evitar factores amenazantes en los ecosistemas en el caso de especies no autóctonas. Los ensayos de amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP) para la amplificación molecular están ganando rápidamente popularidad en la detección de especies, pero LAMP sigue siendo un método subutilizado para las prácticas de monitoreo basadas en eDNA. La combinación más efectiva para el monitoreo exitoso de especies puede ser la recolección de eDNA o rastros biológicos recogidos por nanofiltración seguido de iniciativas de detección de especies basadas en LAMP. Aquí, utilizamos el análisis de LAMP para detectar el eDNA de (Lucioperca), (Anguila Europea) y (Salmón Atlántico) en el Lago Borre y en el Río Drammen. La selección de especies se basa en las categorías de especies invasoras regionales, especies en peligro y especies de menor preocupación. Se consideraron dos genes objetivo para cada especie y se diseñaron cebadores LAMP. Nuestro estudio mostró que LAMP es una herramienta efectiva para descubrir el eDNA específico de peces (análisis) para mantener los ecosistemas acuáticos.