La introducción de nuevos virus altamente patógenos (HPAI) en Corea se ha atribuido a eventos de recombinación que ocurren en sitios de cría en el hemisferio norte. Esto ha aumentado el interés en monitorear y analizar genéticamente los virus de la influenza aviar (AIV) en regiones del norte, como Mongolia, que comparten rutas migratorias de aves con Corea. Los AIV en Mongolia fueron monitoreados analizando 10,149 muestras fecales recién recolectadas de aves silvestres desde abril hasta octubre de 2021 a 2023. La prevalencia de AIV en aves silvestres fue del 1.01%, con un total de 77 AIV aislados durante estos 3 años. Estos 77 AIV incluían subtipos de hemaglutinina H1, H2, H3, H4, H6, H10 y H13, y subtipos de neuraminidasa N1, N2, N3, N6, N7 y N8. Las combinaciones de subtipos detectadas con mayor frecuencia fueron H3N8 (39.0%) y H4N6 (19.5%), aunque no se detectaron virus HPAI. El análisis genético indicó que estos AIV aislados de muestras mongolas estaban estrechamente relacionados con AIV en aves silvestres en Corea, incluidos aquellos de linaje euroasiático. Estos hallazgos indican la necesidad de una vigilancia y monitoreo continuo de AIV, ya que los virus HPAI introducidos en Corea pueden derivar de cepas en Mongolia.