La alimentación suplementaria invernal (SF) se utiliza comúnmente para mejorar la supervivencia de la fauna silvestre en cautiverio. Para investigar el impacto de la suplementación invernal en la microbiota intestinal de la fauna silvestre, evaluamos los cambios en la microbiota intestinal de los ciervos rojos durante los grupos de alimentación suplementaria y no suplementaria (NSF) utilizando tecnología de secuenciación de 16S rRNA. No encontramos diferencias significativas en la diversidad de la microbiota intestinal entre SF y NSF, excepto por el índice de Simpson. Sin embargo, la abundancia relativa de Bacteroidetes, Lentisphaerae y Proteobacteria en la microbiota intestinal fue significativamente mayor durante SF. Además, géneros como fueron más abundantes durante SF. El análisis de diversidad beta mostró diferencias significativas entre SF y NSF. Los microbios detectados durante SF estaban principalmente asociados con el metabolismo de lípidos, mientras que los detectados durante NSF estaban vinculados al catabolismo de fibra. La alimentación de alta energía afecta la composición y función microbiana intestinal en los ciervos rojos. Durante SF, los microbios intestinales en los ciervos rojos se enriquecieron en microorganismos asociados con el butirato y el metabolismo de lípidos. Estos microbios intestinales pueden estar involucrados en la mejora de la obesidad asociada con dietas de alta energía. En resumen, SF es una estrategia de manejo razonable y efectiva.