La suplementación con probióticos en el ganado lechero ha logrado varios efectos beneficiosos (mejora de la tasa de crecimiento, respuesta inmune y microbiota ruminal adecuada). Este estudio evaluó los efectos sobre los parámetros de crecimiento y la microbiota intestinal de terneros lecheros recién nacidos suplementados con probióticos a base de dos cepas, individualmente (6BZ o 6BY) o en combinación (6BZ + 6BY), administrados con la misma concentración (1 x 10 CFU/kg de peso) en tres ocasiones, entre los días 5 y 19 después del nacimiento. El grupo de control consistió en terneros no suplementados con probióticos. Los parámetros de crecimiento se registraron semanalmente hasta las ocho semanas y a las edades de tres, cuatro y cinco meses de los terneros. La microbiota fecal se describió mediante secuenciación de alto rendimiento y bioinformática. Aunque no se observaron efectos significativos en cuanto al aumento de peso y altura diarios entre los terneros suplementados con probióticos y los no suplementados, el análisis de correlación mostró que la tasa de crecimiento se mantuvo hasta el mes 5 a través de la suplementación con probióticos, principalmente cuando se suministraron los probióticos de dos cepas. Se observaron efectos de modulación en la microbiota en los terneros suplementados con probióticos, mejorando las proporciones de Bacteroidota: Firmicutes y de Proteobacteria. La predicción funcional por PICRUSt también mostró un incremento en varias vías cuando se suplementó el probiótico de dos cepas. Por lo tanto, utilizando el esquema de tres administraciones, el probiótico de dos cepas mejoró la tasa de crecimiento y el perfil de microbiota intestinal en terneros lecheros recién nacidos. Sin embargo, se podrían alcanzar efectos positivos aplicando más administraciones del probiótico durante los primeros 20 días de vida de un ternero.